בשנת 2016 החלו לצאת פרסומים על-פיהם שר העבודה והרווחה, חיים כץ, חשוד בשתי פרשות הקשורות לתעשייה האווירית, בעת שכיהן כיו"ר ועד העובדים שלה.
במסגרת הפרשה הראשונה, עפ"י הפרסומים, חשוד כץ כי בעת שכיהן כיו"ר הוועד עובדים בתעשייה האווירית אילץ עובדים להתפקד ולהצביע עבורו בפריימריז בליכוד, כאשר ישנן, עפ"י הפרסומים, עדויות המתארות איומים בפיטורים, פגיעה בשכר, עיכוב קידום ועוד – והכל לצורך חיזוקו של כץ בליכוד.
בנוגע לפרשה השנייה, פורסם כי ישנם חשדות לניצול עובדים ומשאבים של התעשייה האווירית לתועלתו האישית של כץ. על פי הפרסומים, ישנו חשד שהשר חייב עובדים לשפץ את בית בנו, יאיר, ללא שניתנה להם תמורה כספית או הברירה לסרב לבקש. בנוסף התפרסם שישנם חשדות לאי-סדרים בקבלת ותיעוד כספים. עפ"י הפרסומים, ישנן עדויות לכך שבחברת התעשייה האווירית העלימו עין מהנושאים.
לאחרונה הוגש דוח חמור של מבקר המדינה, השופט (בדימוס) יוסף שפירא, שמתייחס למעורבותו של כץ בהליכים משמעתיים של עובדי החברה ולחצים שהפעיל בנושא. בכירה בדירקטוריון, יו"ר ועדת הביקורת, צוטטה: "התחושה היא שחיים כץ מנהל את החברה". כמו כן, מהדוח עולה כי בקופת ועד העובדים היו יתרות כספיות של כ-100 מיליון שקלים. עפ"י הפרסומים על הדוח, כץ הסביר לאנשי המבקר את הסכומים בכך שאמר: "כסף לבן ליום שחור".
עפ"י הדוח, הכסף בקופת הוועד הגיע משני מקורות: כסף שהעבירה מדי שנה החברה, וגביית דמי ועד מהעובדים. מהביקורת בדוח עלה כי במשך שנים רבות 60%-65% מהכספים שימשו ל"הוצאות משרד", כלומר – הוצאות שכר של עובדי הוועד ומקצתם הוזרמו לפעילויות רווחה ותרבות להן מיועדים. בנוסף לכך, חלק ניכר מהשימוש בכספים הוקצה לצורך מתן הטבות לחלק מהעובדים, על אף שהטבות אלה אינן מגיעות להם – בין היתר רכב צמוד, תשלום על שעות נוספות או תשלום ללא תרומה לחברת התעשייה האווירית.