בעקבות הודעת היועמ"ש אביחי מנדלבליט כי בכוונתו לסגור את תיק המניות, נדרשה התנועה לתקן את עתירתה בהתאם, וזו הוגשה לפני זמן קצר (חמישי) לבג"ץ: "היועמ"ש חרג מסמכותו כשלא הורה על פתיחת חקירה פלילית".
עוד הוסיפו בתנועה לאיכות השלטון בהתייחסות לדברי שמרון כי "התגובות המקדמיות של המעורבים בפרשה רק מוכיחות את חומרת הדברים, נתניהו כן היה מודע לפעילות בן דודו מיליקובסקי". בנוסף, העתירה מתייחסת למועד הקובע להתיישנות שצריך להיספר לגרסתה מאז שהכסף נכנס לחשבון הבנק ולא כאשר עדיין מדובר בעניין תיאורטי.
בעתירה נכתב כי "מרגע שנחשפה השתלשלות האירועים אשר הובילה לרכישות השונות של צוללות וכלי השיט מחברת תיסנקרופ שאושרו במישרין על ידי ראש הממשלה וגזירת העמלות השונות על דרך יחסי שוחד היה היועץ המשפטי לממשלה חייב להורות על פתיחה בחקירה. החלטתו של היועץ שלא לפתוח בחקירה בפרשת המניות, והתעלמותו מחקירת יתר הפרשות מהווה הפרה של חובתו הברורה של היועץ המשפטי לממשלה לבחון, לכל הפחות, את ההוראה על פתיחה בחקירה לנוכח חומרת החשדות ועוצמתן בשלב זה.
"כאמור, אין העותרת מתיימרת להיכנס בנעליו של היועץ המשפטי לממשלה, אולם סבורה היא כי קיומם של הפרסומים עד כה, כמו גם תצהירי הבכירים שהוגשו במסגרת עתירה זו מהווים לכל הפחות ראשית ראיה המקימה את החובה לפתוח בחקירה פלילית, ולכל היותר פריסה סדורה וברורה של מסכת ראיות המכוונות בבירור על הצורך בחקירת ראש הממשלה באזהרה על עבירות מתחום טוהר המידות, מתחום המיסוי, הלבנת הון ואף מתחום הפגיעה בביטחון המדינה.
"האינטרס הציבורי המגולם בחובה זו הינו כפול – מחד גיסא, מיצוי הדין הפלילי במידת הצורך; ומאידך גיסא, וחשוב לא פחות, במצב הדברים הנוכחי בו מכהן בנימין נתניהו כראש ממשלת ישראל, האינטרס הציבורי מחייב את האפשרות לניקיון שמו והסרת עננת החשדות מעל ראשו של ראש ממשלה ישראל, הדמות הבכירה ביותר במערך השלטון הישראלי.
"היועץ המשפטי לממשלה אינו ראש התביעה ותו לא. הוא שומר שלטון החוק. ובמקרה דנן אף שומר הסף העומד בפתח חדר החקירות הייחודי בו נחקרים ונשאלים אודות תפקודם ראשי הממשלה. נוסף לכך הוא הידיעה כי מבקר המדינה העביר ליועץ המשפטי לממשלה פנייה ובה הוא מביע את חששו שמא חלקו של ראש הממשלה נתניהו בפרשת המניות עולה ביצוע עבירות פליליות וכי הוא מבקש מהיועץ המשפטי לממשלה לבדוק חשדות אלה.
"החלטה זו של המבקר אמנם איננה 'מחייבת' את היועץ המשפטי לממשלה להורות על פתיחת חקירה, אך היא לכל הפחות יוצרת 'חזקת פליליות' בהקשר לממצאי המבקר".